Оспариваемым решением Предприятию доначислен НДС в связи с квалификацией полученных бюджетных средств налоговым органом как субсидий на возмещение затрат на приобретение товаров, работ, услуг.
Предприятие, применяя общую систему налогообложения и являясь налогоплательщиком НДС, оказывало услуги по перевозке пассажиров и багажа автомобильным транспортом общего пользования по регулируемым тарифам с предоставлением отдельным категориям лиц мер социальной поддержки на льготный и бесплатный проезд.
Получая субсидии, Предприятие полагало, что они направлены на возмещение недополученных доходов при перевозке пассажиров в связи с применением им регулируемых цен, льгот, а не на оплату затрат на приобретение товаров (работ, услуг), в связи с чем отсутствуют основания для восстановления НДС.
Суды двух инстанций пришли к выводам о том, что в рассматриваемом случае субсидии предоставлялись именно на возмещение затрат (расходов), связанных с перевозкой пассажиров, следовательно, в нарушение подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ Предприятие неправомерно не восстановило ранее принятые к вычету суммы НДС, в связи с чем признали правомерным оспариваемое решение Инспекции.
Арбитражный суд Западно-Сибирского округа в постановлении от 22.11.2022 по делу № А27-10003/2021 (Государственное предприятие Кузбасса «Пассажиравтотранс») отменил состоявшиеся решения и вернул дело на новое рассмотрение в суд первой инстанции.
Кассационная инстанция считает преждевременным вывод судов о квалификации субсидии как направленной на возмещение затрат исключительно из наименования (из выражений, использованных в заголовке соглашений, постановлений коллегии администрации области) без исследования принципов расчета (экономической обоснованности) субсидии.
